Kleszcze przenoszące boreliozę bardzo często równolegle zarażają również innymi bakteriami, które wywołują tzw. koinfekcje. Leczenie boreliozy jest wówczas bardzo utrudnione, bowiem w sposób zasadniczy zmieniają one obraz kliniczny choroby i utrudniają a czasami wręcz uniemożliwiają skuteczne leczenie. Szacuje się, iż koinfekcje występują nawet w 80% potwierdzonych przypadków zakażenia krętkiem Borrelii.
Najczęstsze koinfekcje Borelli to:
- Bartonella
- Babesia
- Mycoplasma
- Chlamydia
- Toxoplasma
- Brucella
- Yersinia
- Anaplasma i Ehrlichia
- Riketsja
(choroby odkleszczowe)